서울시는 “시의 설계 변경과 공기 연장으로 추가 비용이 발생했는데도 공사비 증액을 거부하거나 공사대금을 무리하게 줄여 패소했다”는 일부 언론의 보도에 대해 소송은 시민의 편의를 위해 출입구 연장 등으로 인한 설계변경과 시 예산투입계획 변경으로 인한 기간 연장 등에 따른 비용 발생에 대하여 서울시와 건설사간 이견으로 다툼이 발생한 사항이라고 밝혔다.

9호선 2‧3단계 건설공사에서는 2008년 이후에 총 42건의 소송이 제기되어 이 중에서 37건을 서울시가 승소(승소율 88%)했다.

도시철도 등 대형 건설공사를 장기간에 걸쳐서 시공하는 과정에서 각종 분쟁으로 소송이 제기되고 있는 상황으로, 서울시는 도시철도 등 건설사업에 시민의 예산이 낭비되지 않도록 소송 대응에 최선을 다하겠다고 설명했다.

최근 3년간 소송 관련 예비비로 가지급한 판결금 4건 101억 원 중 2건은 항소심에서 일부 승소하여 31억 원을 환수하였고, 1건(39억 원)은 현재 항소심 진행중이다.